شناسایی مولکولی باکتری rathayibacter عامل خوشه صمغی گندم و جو در برخی مناطق ایران و بررسی تنوع جدایه ها

خوشه صمغی از جمله بیماری های گندم در مناطق متعددی از ایران می باشد. گونه یrathayibacter iranicus (قبلاً به نام corynebacterium iranicum scharif.) ابتدا توسط شریف در سال 1340 از مزارع گندم آلوده به بیماری خوشه صمغی در مراغه جدا، شناسایی و نامگذاری گردید. تا کنون این گونه فقط در ایران به عنوان عامل بیماری گزارش شده است، هر چند در گزارشی از ترکیه جدایه هایی از r.iranicus از چند محموله بذر گندم جدا شده است ولی علائم خوشه صمغی در آن جا مشاهده نشد و بیماری زایی جدایه ها نیز بررسی نشد. در سال های اخیر این بیماری از استان ایلام بر روی جو نیز گزارش شده است. به منظور ارزیابی تنوع احتمالی جدایه های این گونه و نیز قطعی تر نمودن موقعیت تاکسونومیکی جدایه های عامل بیماری در جو نمونه های جمع آوری شده از گندم و جو مناطق مختلف کشور روی محیط کشت نوترینت آگار سوکروز حاوی عصاره مخمر (yeast extract nutrient agar sucrose, ynas) کشت داده شدند. تک کلون های زرد لعاب دار و کند رشد انتخاب و خالص شدند. بر اساس نتایج آزمون های بیوشیمیایی و نقوش الکتروفورزی پروتئین های محلول سلولی(sds-page) پانزده جدایه به عنوان نماینده برای بررسی های فنوتیپی انتخاب شدند. برای تعیین میزان تنوع و ارتباط ژنتیکی جدایه ها، dna ژنومی نماینده ها همراه با چهار جدایه مرجع استخراج و در واکنش زنجیره ای پلیمراز با استفاده از آغازگرهای m13 و 5(gtg) تکثیر شد. محصول حاصل از واکنش در ژل آگارز 5/1 درصد الکتروفورز و ژل با اتیدیوم بروماید رنگ آمیزی شد. از ضریب تشابه جاکارد (jaccard) برای تعیین تشابه جدایه ها و از روش upgma و نرم افزار ntsys-pc برای آنالیز خوشه ای استفاده شد. قطعه ژن های خانه داری 16s rdna، reca و gyrb و ناحیه its تعدادی از جدایه ها تکثیر و توالی یابی شد. نتایج تعدادی از آزمون های افتراقی با منابع قبلی مطابقت نداشت. گونه های جدا شده از جو در تعدادی از خصوصیات بیوشیمیایی به r. iranicus و در تعدادی به r. tritici شباهت داشتند. نتایج حاصل از بررسی تنوع ژنتیکی به وسیله ی ریز ماهواره های 5(gtg) و m13 تنوع را در بین جدایه ها نشان داد. مقایسه ی ترکیبی نقوش حاصل از این آغازگرها شباهت بالایی بین جدایه ها و جدایه ی مرجع r.iranicus نشان داد. جدایه های جو در شاخه ای مجزا ولی نزدیک به گروه جدایه ی مرجع r.iranicus و در فاصله ای دورتر از دو گونه ی r.tritici و r.rathayi قرار گرفتند. همچنین جدایه مرجع r. toxicus به همراه گونه های دیگر rathayibacter در گروهی کاملاً جدا قرار گرفت. مقایسه توالی های به دست آمده، با توالی های موجود در ژن بانک (genbank) ncbi نشانگر بیشترین شباهت جدایه ها به r.iranicus بود که این شباهت در جدایه های گندم نسبت به جدایه ی جو بیشتر بود.